余英时著作良多，著有中、英著作59本，论文400余篇。余英时最著名的著作《历史与思想》自1976年出版以来（台北：联经出版）已经34刷，是史学著作中罕见的畅销书。
[24]尽管其思想与中华人民共和国政府观点相抵触，但他的著作2004年后曾在中国大陆大量出版
[25]。2014年，《苹果日报》报导称
国家新闻出版广电总局下达通知，要求将余英时的著作全部下架，并称有关部门把出余英时作品的多家出版社领导召到北京“训话”
[26]。10月15日，《
环球时报》报道称多家书店店员表示书店并没有接到下架的通知
[27]。
- 《近代文明的新趋势》，香港：自由出版社，1953。
- 《民主制度的发展》，香港：亚洲出版社，1954。
（以上二书合刊为《西方民主制度与近代文明》，台中：汉新出版社，1984。）
- 《民主革命论》，香港：自由出版社，1954；台北：九思出版社重印本，1979。
- 《到思维之路》，香港：高原出版社，1954；台中：汉新出版社重印本，1984。
- 《论戴震与章学诚：清代中期学术思想史研究》，香港：龙门书店，1976。
- 《历史与思想》，台北：联经出版，1976。ISBN 9789570843798
- 《红楼梦的两个世界》，台北：联经出版事业公司，1978。
- 《中国知识阶层史论：古代篇》，台北：联经出版事业公司，1980。
- 《史学与传统》，台北：时报文化出版公司，1982。
- 《中国近代思想史上的胡适》，台北：联经出版事业公司，1984。
- 《方以智晩节考》，台湾：允晨文化，1986。
- 《中国近世宗教伦理与商人精神》，台北：联经出版事业公司，1987。
- 《中国思想传统的现代诠释》，台北：联经出版事业公司，1987。
- 《士与中国文化》，上海：上海人民出版社，1987。
- 《犹记风吹水上鳞——钱穆与现代中国学术》，台北：三民书局，1991。[28]
- 《中国历史转型时期的知识分子》，台北：联经出版事业公司，1992。ISBN 9789570808391
- 《民主与两岸动向》，台北：三民书局，1993。
- 《历史人物与文化危机》，台北：东大图书公司，1995。
- 《现代儒学论》，美国新泽西：八方文化企业公司，1996；上海：上海人民出版社1998年本，有增订。
- 《中国知识分子论》（康正果编），河南人民出版社，1997。
- 《陈寅恪晚年诗文释证》，台北：东大图书公司，1998。
- 《五四新论》台北：联经出版事业公司，1999。ISBN 9789570819557
- 《论士衡史》（傅杰编），上海：文艺出版社，1999。
- 《朱熹的历史世界——宋代士大夫政治文化的研究》，台北：允晨文化，2003，共上下两册。
- 《重寻胡适历程》台北：联经出版事业公司，2004。ISBN：9789570827088。
- 《宋明理学与政治文化》，台北：允晨文化，2004。
- 《未尽的才情：从顾颉刚日记看顾颉刚的内心世界》，台北：联经出版事业公司，2007。
- 《知识人与中国文化的价值》，台北：时报文化出版公司，2007。
- 《会友集—余英时序文集》，香港：明报出版社，2008。
- 《十字路口的中国史学》，台北：联经出版事业公司，2008。
- 《东汉生死观》，台北：联经出版事业公司，2008。
- 《汉代贸易与扩张：汉胡经济关系的研究》，台北：联经出版事业公司，2008。
- 《人文与理性的中国》，台北：联经出版事业公司，2008；上海，上海古籍出版社，2007。
- 《中国文化史通释》，香港：牛津大学出版社，2010。
- 《人文与民主》，台北：时报文化出版公司，2010。
- 《情怀中国—余英时自选集》，香港：天地图书，2010。
- 《论天人之际：中国古代思想起源试探》，台北：联经出版事业公司，2014。
- 《中国与民主》，香港：天窗出版公司，2015。
- 《余英时回忆录》，台湾：允晨文化，2018.11。ISBN 9789869677738
- 第一卷：《史学、史家与时代》
- 第二卷：《中国思想传统及其现代变迁》
- 第三卷：《儒家伦理与商人精神》
- 第四卷：《中国知识人之史的考察》
- 第五卷：《现代学人与学术》
- 第六卷：《民主制度与近代文明》
- 第七卷：《文化评论与中国情怀（上）》
- 第八卷：《文化评论与中国情怀（下）》
- 第九卷：《历史人物考辨》
- 第十卷：《宋明理学与政治文化》
2014年再版，增加了两卷：
- 第十一卷：《论学会友》
- 第十二卷：《国学与中国人文》
- 《朱熹的历史世界 : 宋代士大夫政治文化的研究》（上、下），2004。
- 《方以智晚节考》，2004。
- 《文史传统与文化重建》，2004。
- 《现代儒学的回顾与展望》，2004。
- 《现代危机与思想人物》，2005。
- 《论戴震与章学诚：清代中期学术思想史研究》，2005。
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