與此同時,2000年7月,他向加拿大公民與移民部(Citizenship and Immigration Canada,簡稱CIC)申請難民資格。CIC負責對難民申請進行初步審核,再交由加拿大移民與難民委員會(Immigration and Refugee Board,簡稱IRB)裁決。IRB網站顯示,該委員會為"加拿大最大的獨立行政法庭",職責是在移民和難民事務中依法、高效、公平地作出理由充分的決定。
但在這個關鍵時刻,2006年6月16日,賴昌星誤以為自己即將被送上遣返的飛機,遂以頭撞柱自殘。這對改變加拿大聯邦法院的態度起了重要作用。據馬塔斯律師介紹,主審法官德蒙迪戈尼(Yves de Montigny)在判決中認為,CIC對賴昌星被遣返後將面臨酷刑的風險評估不充分,因而決定准許賴昌星提出的司法復核申請,CIC此前發出的遣返令暫緩。